2501年：
逃脱了家园塔桑尼斯的大灾难的诺娃•泰拉和其他有天赋的人类一起在幽灵学院训练心灵能力。
2502年：
阿克图洛斯•蒙斯克试图与他长期失去父爱的儿子瓦莱里安沟通。寄望着瓦莱里安继承蒙斯克朝代的阿克图洛斯回忆起了自己从一个对浪荡少年成长为一代奸雄的过程。
记者凯特•洛克威尔入住了自治联盟军队，并在宇宙新闻网（UNN）上为自治联盟发表爱国宣传。在她随军期间，她遇见了前UNN记者迈克尔•利伯蒂，并揭开了许多自治联盟外表下的骇人事实。
谭姆森•考利计划除去已经解散的战猪特工队，从而掩盖他曾试图刺杀阿克图洛斯•蒙斯克的真相。在这之前，他召集战猪特工队去除掉吉姆•雷诺，并想以此赢得蒙斯克的青睐。而战猪特工队的一员，科尔•席克森就是曾经帮助吉姆•雷诺在残酷凯尔-莫瑞亚囚营幸存下来的联邦士兵。
人类, 神族以及虫族为控制阿提卡星球上面的上古萨尔纳加神庙开战。淹没在战火之中的战士们开始思索他们每个人来到这混乱战场的原因。
大众利益（The Generous Profit）的凯尔-莫瑞亚小组来到了一个荒芜的星球，他们希望在此找到些过去居住者留下的值钱物品。随着他们进一步探索废墟，小组成员们揭开 了这个星球失踪人口的恐怖秘密。
发疯的维金驾驶员乔恩•戴尔队长在一次武器示范中攻击尔萨上无辜的人民。戴尔过去的学生维斯•卡特为了结束他的杀戮而与戴尔对峙。
经验丰富的雷神驾驶员山丁•佛斯特和他的两名忠实的伙伴来到了玛而•萨拉上的人类废墟，试图进入一个秘密仓库。在进入仓库之后，佛斯特意识到他预期的宝藏是永远都找不到的。
2503年：
自治联盟科学家抓住了执政官玛杜恩，并进行试验来进一步了解神族心灵整合卡拉。由变态狂史丹利•伯吉斯博士率领的研究人员们在研究过程中毫无人道。
考古学家杰克•拉姆希在平静的勘探着一个萨尔纳加神庙，但随着一个神秘的神族保管者与他意识的融合，一切都失去控制了。随后，杰克的大脑充斥着 神族漫漫历史长河中的诸多记忆。
杰克•拉姆希来到艾尔星球继续他的旅程。在他脑中神族保管者的指导下，杰克进入艾尔地下阴暗的迷宫去寻找一块可能拯救全宇宙的神圣 水晶。
一些曾受高度训练的幽灵开始神秘失踪。诺娃•泰拉，作为一个幽灵学院的毕业生，开始侦查那些失踪特工的下落，最终揭开一个可怕的真相。
在逃离艾尔穿越一个萨尔纳加传送门的时候，杰克•拉姆希与他的保镖罗斯玛丽•达尔失散了。罗斯玛丽到达了夏库拉斯的神族难民营地，但杰克却不知所踪。独自一人的杰克必须在自己和 神族保管者死亡之前找出一种从他意志中分离出保管者的方法。
热衷于外星文物的神秘人类组织莫比斯基金会派出一个小队去克普鲁星系的边缘勘探一座萨尔纳加遗迹。在他们研究工程中，科 学家们唤醒了潜藏在遗迹深处黑暗力量。
死神，作为一种具有机动能力极高的突击兵种，需要用化学药物使士兵自身更加好斗，而曾经作为自治联盟死神的科恩现在试图开始新的生活。而当他曾经的一位战友突然 出现在他家的时候，科恩意识到逃离他困扰的过去要比想象中的难。
一个叫做斯塔莉•蕾丝的夜店歌手发现自己卷入了自治联盟和凯尔-莫瑞亚高层的外交阴谋之中。
2504年：
疲惫的吉姆•雷诺回到玛而•萨拉，为他梦想破灭而愁苦不堪。
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