2491年：
作为一次对其他潜在分裂者的警告，联邦对克哈四号行星进行了一次造成数百万死亡的核武器打击。作为反抗，阿克图洛斯•蒙斯克命名他的反叛组织为克哈之子，并更加平凡的与联邦开战。在这个时候，阿克图洛斯解救一位名叫莎拉•凯莉根的联邦幽灵，她后来成为了他的副手。
2495年：
当犯罪同伙泰科斯•芬利被官方拘捕的时候，吉姆•雷诺结束了他的犯罪生涯。雷诺开始了作为玛而•萨拉行星一名联邦军官的崭新生活。
2499-2500年：
两股外星威胁出现在克普鲁星系：具有高度适应能力的残暴虫族和神秘的神族。神族无缘无故就将人类星 球乔•萨拉夷为荒芜，而这引起了联邦的怒火。大多数人类并不知道，乔•萨拉已经被虫族侵吞，而神族仅仅是按照命令斩草除根。
其他的世界，包括附近的玛而•萨拉在内，也同样发现了虫族的存在。
在玛而•萨拉，联邦因为吉姆•雷诺摧毁了被虫族腐蚀的死水前哨战而将他投入了囚笼。他随后就被蒙斯克的起义军克哈之子解救了出来。
一个名叫亚多•梅尼科夫的联邦陆战队员被卷入了玛而•萨拉的战争。他经受着过去在邦蒂夫行星球上痛苦记忆的折磨，但他很快就会发现他的过去有着更可怕的真相。
玛而•萨拉的命运同乔•萨拉一样，都被神族夷为了荒芜。吉姆•雷诺，阿克图洛斯•蒙斯克，克哈之子以及该星球的其他的一些居民们侥幸逃出生天。
一个名叫谭姆森•考利的联邦政客赋予了战猪特工队——专为联邦干坏事的军事单位——刺杀阿克图洛斯•蒙斯克的任务。这次刺杀孟斯克并没有成功。
诺文波尔“诺娃”•泰拉，是塔桑尼斯联邦一个强大老家族的女儿，当她感受到她的父母以及兄弟都被谋杀的时候，她显示出了可怕的心灵能力。
阿克图洛斯•蒙斯克在联邦首都塔桑尼斯放置了致命武器心灵放射装置。这个仪器释放的强化心灵信号把大量的虫族引向了这里。塔桑尼斯很快就沦陷了，而联邦也因此承受了致命的一击。
阿克图洛斯•蒙斯克背叛了莎拉•凯莉根，将她抛弃在了满布虫族的塔桑尼斯上。和凯莉根有着深厚感情的吉姆•雷诺在愤怒中离开了克哈之子，然后成立了被称为雷诺突击团的组织。他后来得知凯莉根真正的命运：她并没有被虫族杀 死，反而被变异成为了被称为刀锋女皇的强大生物。
阿克图洛斯•蒙斯克正式登基称帝开创人类自治联盟，这个新的联盟统治着克普鲁星系大多数的人类行星。
自治联盟议员科尔斌•法希发现自己年幼的儿子科林拥有吸引大量残暴虫族的心灵能力——这种能力被自治联盟看做一种有用的武器。
在边缘世界贝卡•罗，人类，神族以及虫族的势力为占据近期出土的一座萨尔纳加建筑而角逐着。萨尔纳加被认为是影响了虫族和 神族进化的一个远古外星种族。
虫族最高首领主宰发现了神族家园艾尔的位置。虫族入侵了艾尔，但高阶圣堂武士英雄塔萨达尔牺牲自己与主宰同归于尽。即便如此，艾尔大部分地区还是夷为废墟，而剩下的艾尔 神族们通过一个萨尔纳加传送门逃到了黑暗圣堂武士所在夏库拉斯星球。这是黑暗圣堂武士被逐出艾尔以来，两大神族党派的首次联合。
虫族跟随逃亡者们通过传送门从艾尔星球达到了夏库拉斯。已与塔萨达尔以及黑暗圣堂武士泽拉图成为同盟的吉姆•雷诺及其势力留在了艾尔星球以关闭传送门。同时，泽拉图和神族执行官亚坦尼斯利用夏库拉斯上一座上古 萨尔纳加神庙的力量净化掉了所有已经侵入夏库拉斯的虫族。
地球联合理事会（United Earth Directorate, UED）观察到了人类，虫族和神族的战争，并从地球赶到克普鲁星系来控制局势。为了达成目标，UED在虫族占领的星球 查尔上捕捉到了一只正值幼年的脑虫。刀锋女皇，蒙斯克，雷诺，以及神族抛弃了他们的矛盾，齐心协力击败了UED和新的脑虫。 这脆弱的同盟最终还是达成了目标，而在第二个脑虫死亡之后，刀锋女皇获得了克普鲁星系所有虫族的控制权。
在查尔附近一颗未知的卫星上，泽拉图遭遇了曾经作为刀锋女皇盟友的人类萨米尔•杜兰。泽拉图发现杜兰已经成功的融合了虫族与神族的DNA创造混合种族，杜兰预言这个种族将永远改变宇宙。
阿克图洛斯•蒙斯克消灭了他半数的幽灵特工以确保自治联盟幽灵计划中前联邦人员的忠诚。他还另外在克哈四号行星的卫星尔萨上开设了新的幽灵学院
由于自治联盟的探员们都在为了利用年轻科林的心灵能力而追捕他，科尔斌•法希将他的儿子藏了起来。科尔斌逃到了不受自治联盟控制的尤摩捷护卫军。
年轻的科林•法希最终还是被自治联盟抓获并送进了幽灵学院。同时，他的父亲科尔斌在尤摩捷护卫军发表了反自治联盟的批判。由于他的公开批判，科尔斌成为 了暗杀的目标。
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